Las esponjas se reproducen por vía sexuada y asexuada. Producen espermatozoides y ovocitos, pero no poseen órganos reproductores. La fecundación es difícil de observar; puede tener lugar en el agua de mar o en el seno de la esponja madre. En este último caso, los espermatozoides son aportados a la esponja madre por las corrientes de agua. El desarrollo de los embriones dura generalmente unas semanas y desemboca en una larva nadadora. Las esponjas pueden ser hermafroditas (un mismo individuo produce los espermatozoides y los ovocitos) o gonocóricos (sexos separados).
En ciertas condiciones (a veces de estrés), las esponjas son capaces de producir brotes que producirán una nueva esponja. Es una reproducción asexuada.
Al ser cortadas o parcialmente arrancadas (o comidas), las esponjas son capaces de cicatrizar y de regenerar las partes desaparecidas. Esta propiedad permite realizar la espongiocultura.

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