Les éponges se reproduisent par voie sexuée et asexuée. Elles produisent des spermatozoïdes et des ovocytes mais elles n'ont pas d'organes reproducteurs. La fécondation est difficile à observer. Elle peut avoir lieu dans l'eau de mer ou au sein de l'éponge mère. Dans ce dernier cas, les spermatozoïdes sont apportés à l'éponge mère par les courants d'eau. Le développement des embryons dure généralement quelques semaines et aboutit à une larve nageante. Les éponges peuvent être hermaphrodites (un même individu produit les spermatozoïdes et les ovocytes) ou gonochoriques (sexes séparés).
Dans certaines conditions (parfois de stress), les éponges sont capables de produire des bourgeons qui donneront une nouvelle éponge. C'est une reproduction asexuée.
Lorsqu'elles ont été coupées ou partiellement arrachées (ou broutés), les éponges sont capables de cicatriser et de régénérer les parties disparues. Cette propriété permet de réaliser de la spongiculture.

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